不過三天，達爾文便已安排好，要和一位名叫雷南（Fatrick Lennon）的愛爾蘭人一道去參觀他的咖啡園，位置大約在里約熱內盧往北一百哩遠的地方。他們組成一支七人小型隊伍，策馬而行。氣候非常悶熱，他們先是沿著海岸線走，幾天之後再轉向內陸，進入熱帶雨林。
要說達爾文現在很「快樂」是太含蓄了，他簡直可以稱得上是「如癡如醉」。他們身邊盡是巨大的絲棉樹以及棕櫚樹，棵棵長得像船桅般修長，高高聳立，濃密葉片把陽光都遮住了；透過一片綠光，西班牙苔草以及像繩索般的長條葛藤植物，從最頂端的樹幹上垂盪下來。這個悶熱、寂靜的午後雨林中，只見大型藍蝶翩翩起舞；空氣中瀰漫著香料植物的氣味──樟腦、胡椒、肉桂和丁香；再來，還有那些大得嚇人的蟻丘，足足有十二呎高；在樹幹上發芽的寄生蘭，以及眾多難以想像的華麗鳥兒：像是五彩的、綠色的鸚鵡，以及能用人眼難以分辨的快速鼓翅，停在花朵上方半空中的小巧蜂鳥。達爾文就著馬背，欣喜若狂的在筆記本上快速摘記：「蔓草疊疊相纏──捲鬢彷彿髮絲──美麗的蝶蛾──一片沉寂──頌揚之聲四起。」
◆殘酷殺機
突然間，令人血液凝固的猿猴嚎叫聲劃破寂靜，緊接著，遠方也傳來一陣巨響，聽起來宛如大浪拍打海岸──竟然是暴風雨來襲。
斗大溫熱的雨滴穿破他們頭頂上的樹葉天篷，不一會，他們全身就都濕透了。清新的泥土味自地面漫進水洗過的空氣中，四周山谷間，也充塞著一股奔騰的白色霧氣。然而，當暴風雨過去，天色轉暗時，一場石破天驚的表演卻揭開了序幕：這是青蛙、蟬和蟋蟀的晚間音樂會，而且黑暗中還有閃爍的螢火蟲四處飛舞。「每當黃昏天黑之後，這樣的大型音樂會必然登場；我通常都會靜靜的坐著聆聽，除非傳來某些奇特的昆蟲叫聲，才能分散我的注意力。」
不過，這幕豐盈場景裡也蘊含著驚人的殘暴。有一天，達爾文特地下馬觀看一場蛛蜂屬（Pepsis）大黃蜂和狼蛛屬（Iycpsa）大蜘蛛間的生死決鬥。黃蜂忽然自空中俯衝下來，把毒刺深深刺入敵手體內，然後便飛走了。大蜘蛛雖然受創不輕，但還能勉強爬到草叢裡藏身，過了一會兒，黃蜂飛回來，遍尋不著蜘蛛。然而最後，由於大蜘蛛不由自主地抽動，暴露了藏身的位置，黃蜂立刻衝進來，用無比精準的手段殺害蜘蛛──接連兩次快速刺入蜘蛛下方的胸部。接著，勝利者翩然下降，開始拖拉屍首。這時，達爾文做了一件很沒道理的事，就好像我們大部分人都會做的舉動：他把黃蜂趕開，不准牠接近獵物。
接下來，一行人遇上了雨林中最驚心動魄的一幕──螞蟻雄兵。當這支閃閃發光、黝黑、萬頭鑽動的隊伍（它可是綿延長達百碼）前行時，所有位在它行進路途上的動物莫不驚惶失措。達爾文等人親眼看到成群恐懼得發狂的蜥蜴、蟑螂和蜘蛛被快速包圍，不過片刻工夫，貪婪兇惡的蟻團便撲倒在獵物上，這場面真是令人目瞪口呆。
因此，在這一切動人景致中，其實也埋藏了一股無窮盡的惡毒，沒有誰是絕對安全的。獵殺以及被獵殺，現實環境就是這樣，於是，弱者為了生存，只得把自己偽裝起來。
在達爾文的採集瓶中，收進了一種長得很像枯樹枝的竹節蟲（phasmid stick）、把自己裝成蠍子模樣的無毒蛾類、以及全身彩妝成毒菓色彩以便逃避鳥類捕食的甲蟲。達爾文還注意到，有些動物的頭角純屬裝飾品，只為增添性吸引力，但大部分動物特徵都是故意用來欺敵的，例如，有些蛾類的翅膀上開了些小洞，以模擬殘破的枯葉；另外有一種蛾類看起來就好像落花般；其他的偽裝還包括閃亮發光的假眼等。還有一些昆蟲則是藉著模擬其他昆蟲的長相，來保護自己，例如，對於捕食者而言，展蟲蛾（heliconian）的味道甚難下嚥，於是，其他美味昆蟲便著上類似展蟲蛾的警戒色。
如果韓士婁在場的話，不知會有多開心。「我從未體驗過這般強烈的興奮，」達爾文激動的寫信告訴韓士婁：「從前我很欣賞洪鮑特，現在，我簡直是崇拜他；完全是因為他，才使得我產生前往熱帶的念頭……此時我正著迷於蜘蛛……而且，要是沒弄錯的話，我已經發現了一些新品種……我將儘快寄一大盒回劍橋去。」
就在這當兒，達爾文首次染上熱病，由於深感病情沉重，他一度以為自己會摔下馬來，好在「肉桂加上葡萄酒奇妙地把我醫好了。」
◆蓄奴農莊
接著，達爾文突然領悟到，存在自然界裡的那種殘酷，那種強者欺凌弱者的情況，也同樣存在於人類。這天，他們進入一片植物蔓生的樹林，路徑被遮擋得很厲害，於是他們便派了一個黑奴，拿著劍走在最前頭開路。達爾文試著用一口很破的西班牙文和這名奴隸交談，令他震驚的是，農奴竟然誤以為自己要挨揍了，達爾文只好趕快用手勢來加強表達意思。只見黑奴畏縮地垂下雙手，並揚起臉，溫馴地等著挨打。
達爾文真是嚇壞了。難道所有奴隸都是這般膽怯，這般頹喪的？毫無疑問，像雷南這樣講理體貼的主人，應該可以讓他放心才對。但是話說回來，真有哪個奴隸可能放心？
他們隨即騎到一處臨著陡峭花崗岩壁的空地，就在這兒，有一群逃脫的奴隸曾經藏匿過，並且還靠著野生植物勉強猢口，存活下來。他們甚至還自力搭建起一堆小茅屋，式樣活脫脫就是彷照他們被捕捉以前在非洲故鄉看到過的小茅屋。這些茅屋如今全都荒廢了。一隊巴西士兵伏擊這兒，把所有脫逃奴隸一舉擒回，只除了一個女奴例外。這名女奴寧願一死，也不願再受奴役；她縱身自山頂躍下，當場在谷底摔成一團肉泥。
「在我離開英格蘭之前，」達爾文寫信給姊姊卡洛琳：「有人告訴我，只要居住過蓄奴隸的國家，我所有的觀點都會改變；但是我能感覺到的改變只有一項，那就是更為尊重黑人的性格。」
當他們終於抵達雷南的大農莊時，農莊特地發射了一枚大砲，並且大聲撞鐘，以宣示他們的光臨；在死寂的樹林中，這陣聲響可真是驚天動地。接著，全體農奴也都出列相迎。這是一個很令人愉快的地方，茅草屋圍成四邊形，主人房舍占一邊，其餘三邊分別是馬廏、倉庫以及農奴住處。主人屋舍裡邊擺放著一些華麗的桌椅沙發，都是常見於維多利亞式客廳的家具，但是處在這些粉刷過的白牆、茅草屋頂以及沒有玻璃的窗戶之間，卻顯得很不搭調。庭院中央堆著一包包的咖啡豆，還有許多雞、狗、馬以及其他農莊牲畜來來去去，女奴們聚在一塊生火煮食，裸身的小孩則在陽光下嬉戲。
一頓超級大餐已為嘉賓備妥──達爾文還沒解決掉火雞，烤全豬又端上來了。在這同時，農莊的日常作息依舊井井有條地運轉著。小孩兒、雞、狗各式各樣的老獵犬，不時會走迷路溜進室內，必須有專人時時留意驅趕，有名奴隸就是專門負責這檔子事。
◆小小世界裡的統治者
這整個過程裡，在這侗小小封建世界裡的最高統治者雷南身上，頗有些謎般難解之處。在他們從里約熱內盧出發的這段旅程中，達爾文覺得他似乎是一個很合理、公平的人，而今突然之間，在完全沒有什麼明顯外因影響的情況下，雷南對該地經理，一個名叫柯柏（Cowper）的人，狠狠的發了頓脾氣。或許是因為天氣熱的關係，或是因為小孩子不停闖進屋內，又或是因為他們之間積怨已深，總而言之，雷南變得怒不可遏。他宣稱，將要賣掉所有的女奴以及她們的孩子：他們將被迫遠離丈夫或父親，被牽到里約熱內盧去公開拍賣。他還特別提出要弄走其中一名黑白混血小孩，這孩子剛好是經理非常疼愛的一個。到了這步田地，兩個男人都不約而同地掏出槍來，要不是達爾文及其他人趕忙插手阻止，兩人恐怕已開火了。
這頓爭吵到了次日早晨就不了了之。但是擺在眼前的事實是，拍賣可能真的會進行，雷南可能真的會拆散這些相依為命多年的農奴家庭，而且還少有人會覺得其中有什麼殘酷或不仁道之處──這一切，都令達爾文驚駭不已。即使當第二天早晨裡所有成員都集中到四方場裡祈禱、唱詩時，達爾文也無法釋然。黑奴的歌聲飄揚在清晨空氣中，格外甜美，而雷南則在他們上工前，為他們祈福。
達爾文成長在一個對奴隸制度深惡痛絕的環境裡──在英格蘭，他的舅家威吉伍德家族正是最早起而反對蓄奴制的推動者之一。因此，當他返回里約熱內盧之後，依然悶悶不樂地思考親眼看到的這一切，還有其中的冷酷無情，以及偽善。在里約熱內盧，他再度被所見所聞激得義憤填膺、血脈賁張，他發覺住在對面的老婦人由於頻頻扭轉她的女奴的手指，竟把女奴的指頭都扭碎了；而且就在他所居住的那棟屋子裡，有名混血少年被「惡言辱罵、狠揍並迫害，以致精神崩潰喪失心智，看來像個低等動物。」
「謝謝上帝，」他稍後寫道：「我以後再也不拜訪蓄奴國家。直到現在，當我聽到遠方傳來尖叫聲，依然會喚醒一段痛苦而真切的回憶：那時我正經過伯南布哥（Pernambuco）附近的一間房舍，聽見令人無比哀憐的呻吟聲，除了是某個可憐的奴隸正被嚴刑拷打外，再沒其他的可能。然而我又清楚知道，自己其實像個孩子般無能為力，無法抗議……我曾經見過一個小孩，六、七歲左右，只是因為遞給我的一杯水不夠乾淨，頭臉立即遭馬鞭連抽三下（在我來得及阻止之前）；我還看到他的父親只因主人眼角一瞥，就嚇得全身發抖。」
◆首次與費茲羅衝突
一想到英國人和美國人也都有參與奴隸買賣，不禁令達爾文「血液沸騰且良心悸動」。當他們重新登上小獵犬號之後，有一天，達爾文對費茲羅談起這件事。費茲羅對蓄奴制度會持有什麼樣的觀點，其實不難猜測，雖然他不會明確表示蓄奴制度值得寬容，但是他卻認為，這種制度的確也具有諸多優點。蓄奴制度其實是非常古老的，久遠的程度不輸聖經，因此不該輕易竄改，尤其不該被一些從來不曾擔起產業經營重任的自由派理想主義者來修改。
這會兒，當達爾文開始細述他的經歷時，費茲羅先是靜靜地聽他講了一陣子，然後開口說道：當達爾文離開時，他也拜訪過一處莊園，發現那些農奴的生活條件就和英格蘭農夫們的沒兩樣。農莊主人曾經叫了許多奴隸過來，讓費茲羅本人親口詢問他們是否快樂，是否想要自由等等，所有奴隸都回答道：「不想。」
達爾文簡直氣得顧不了謹慎。他反駁道：「當著主人的面，農奴還敢說什麼其他的答案？」他的語氣，他輕蔑的笑容，在在惹惱了費茲羅。費茲羅大發脾氣：如果達爾文懷疑他所說的話，那麼最好還是不要住在這間艙房裡；因為他們倆人是不可能再合住一塊兒的了。達爾文則認為他還可以做得更徹底一點；他會乾脆離開這條船。說完後，達爾文就大步走出艙房。
在這件事上，沒人願意站在費茲羅那邊。大夥聽到這頓爭吵後，紛紛跑來對達爾文說，歡迎他把東西搬過去跟他們同住。這時，費茲羅也把魏克漢找了去，對著他長篇大論地數落達爾文以及達爾文的各種意見、想法，藉以發洩胸中怒氣。但是不久之後，他漸漸平靜下來，就和他那僵硬、焦躁的個性每次必然有的結果一樣，他開始後悔了。他做得太過火了。他做錯了。他傷害了與達爾文的感情。他一定得把達爾文找回來才行。
不久，魏克漢便出現在甲板上代為傳話：船長要對達爾文先生表達歉意，並要求他回到船長的艙房中。達爾文很樂意接受道歉。畢竟，這趟航程裡的偉大探險計畫才是最重要的；到了這個時候，探險本身的重要性已經漸漸升高，而且遠遠超過任何私人恩怨。
無論如何，他倆接下來馬上就要分開幾個月，或許也是件值得慶幸的事；因為費茲羅必須再度將小獵犬號駛回北邊，繼續他的海岸線測量工作，而達爾文則和埃爾、金恩一同上岸，住在里約熱內盧。達爾文非常自得其樂。「你再沒法想像還有什麼時候能比這些日子更平靜、更愉快的了，」這回，他寫信給另一個姊姊凱撒琳：「再沒什麼能比小獵犬號折返巴伊亞更好運的了。」他們在科克瓦多山腳下的波托福格，一同租下一間很不錯的小屋（達爾文發覺他的膳宿費每週只需二十二分錢，不禁鬆了一口氣），而且他立刻全神貫注在標本採集上頭，例如蜘蛛、蝴蝶、鳥類以及貝殼等，同時還把它們打包寄給韓士婁。
◆不放過任何標本
六個月後，劍橋的韓士婁終於收到達爾文寄來的包裹，並回了封信給達爾文。一般人若是讀了這封回函，或許就能稍微明白達爾文這樁打包郵寄工作究竟有多累人。「你實在做得非常棒，」韓士婁首先這樣讚美達爾文，但是接著，他建議達爾文能多用一點紙，而少用一點短麻屑。有一隻螃蟹非常好，只可惜腳全斷光了；另外一隻小鳥的尾巴也縐成一團，還有兩隻老鼠完全發霉了。小型昆蟲大抵都很良好，不過，如果不用棉花來包裝牠們，或許更能保存牠們的觸角和腿。
對達爾文來說，要等待這麼久的時間才能收到關於那些寶貝箱子的回函，想必是令他心癢難耐得很。有一次，有關標本的謝函竟然花了七個月的時間，才寄到達爾文手中，換句話說，他在該趟標本送出一年多之後，方才收到回函。
就在達爾文忙著採集標本之際，埃爾也忙著繪下熱帶景物，無疑的，他一定也曾幫助過達爾文繪製部分標本。期間，達爾文還曾經和一名葡萄牙籍老神父參加過一趟遠征狩獵，但是只獵到一些小型的綠鸚鵡及鵎鵼；然而，他的同伴卻射到了兩隻大型長滿髮鬢的猴子。「牠們擁有攀緣力很強的尾巴，在最緊急情況的激發之下，甚至能支撐全身的重量，即便死後也是一樣。其中一隻就在被射殺之時快速鉤住了一根樹枝，於是，為了要拿到牠的屍體，只好砍倒一棵大樹。」達爾文不會輕易放過任何可能到手的標本。「我對博物學愈來愈著迷了；你不可能想像得到，當我觀察著一隻和任何已知物種都大異其趣的動物時，我所享受到的那股守財奴似的樂趣。」
他所做的實驗也相當稀奇古怪：他讓青蛙垂直跳玻璃窗格，餵色彩鮮豔的蟲子吃生肉，詳細檢查一隻發光甲蟲源源不斷的能量，而且他還發現一隻蝴蝶會在地面上奔跑。單是六月二十三日這一天，達爾文就逮到了六十八種特別小巧的甲蟲。
◆航向光榮
當小獵犬號駛回時，傳來一則很不妙的消息：有一小隊組員自里約熱內盧溯河往上去獵鷸，結果全體染上熱病，而且其中三人不幸病亡；三人之中有一個名叫慕斯特斯（Charles Musters）的青年，是費茲羅朋友的兒子，也是船上很受歡迎的人物之一。
每個人的心情都十分低落，此刻，他們全都巴望早點離開，好繼續小獵犬號的下一段航程，然而，達爾文卻沒有這般渴望海上的漫漫長日。「我真高興見到小獵犬號攜帶的糧食不滿一年份量；上一回，它簡直就像是要開進墳墓裡去似的。」不過，達爾文終究還是把小獵犬號看成自己的家一般，他對她感到非常自豪，而且不停數說她在調遣、移防能力上頭，性能如何如何的超越其他船艦。「我發覺所有人都說我們是南美洲之冠，」他很得意的寫信回家：「知道我們擁有如此完美的秩序和紀律，真是一大安慰。」
現在，他們就要啟程南下，探訪新大陸的極南之地、未知的巴塔哥尼亞高原以及火地群島。「我期望能踏上人類足跡從未到過的地方，」達爾文寫道。
七月一個清朗的日子裡，小獵犬號準備昂首出海。她獲得了一場意外且轟動的送別典禮，這份禮遇來自港中另一艘英國戰艦：就在這條小巧船兒出海之際，龐大的「渥斯派特號」（Warspite）戰艦上的帆具、桅桿，全都爬滿了水手，三聲歡呼響徹洋面，接著，樂隊大聲奏起「航向光榮」（To Glory You Sfeer）這首歌。