小智一行人抵達了小光預備參加神奇寶貝華麗大賽的白楊鎮，在那裡他們認識了駕駛熱氣球的女子艾莉絲、其青梅竹馬東尼歐，以及艾伯特男爵。由於艾伯特男爵認定隱居於城鎮庭園中的黑暗神奇寶貝-達克萊伊是近日來破壞城鎮的元凶，並準備討伐牠。
然而東尼歐的想法卻不同，他偵測到在白楊鎮的上方有一股異常的衝擊波，而那正是傳說中分別掌控時間的帝牙盧卡，與空間的帕路奇犽這兩大神奇寶貝在次元之夾縫中大戰所造成；而達克萊伊的攻擊並是為了讓牠們遠離這座城鎮。隨著兩大神的爭鬥越來越激烈，終於在白楊鎮的名景「時空之塔」的上方產生了空間裂縫，兩大神的爭鬥場所於是轉移到了白楊鎮。小智他們該如何阻止這場危機？而眾人對達克萊伊的誤解又會如何化解？好看而又刺激的一場爭鬥即將展開!
